that
Это союз, соединяющий придаточное и главное предложения. Он не несет в себе никакой смысловой нагрузки и может опускаться.
Он говорит, что хорошо ее знает.
He sais that he knows her well.what
Это местоимение, которое обладает конкретным содержанием.
Я не знаю, что они делают сейчас.
I dont`t know what they are doing now.